Marta Fernández Alcaide es catedrática de universidad en la Facultad de Filología de la Universidad de Sevilla, donde imparte actualmente su docencia en el Grado en Filología Hispánica y los distintos másteres simples y dobles oficiales (MASELE, MELLC, MEHS, MAES). Ha sido, además, profesora visitante en el Institut für Romanische Philologie de la Universidad Ludwig-Maximilian de Múnich (Alemania) bajo la cátedra del Prof. Dr. Wulf Oesterreicher (2008), donde anteriormente había realizado diversas estancias de investigación como becaria en formación (2004 y 2006), el King’s College de la Universidad de Londres (Reino Unido) bajo la dirección del Prof. Dr. Christian Pountain (2013) o la Faculté de Lettres de la Universidad de Lausana (Suiza) bajo la dirección de la Prof. Dr. Victoria Béguelin-Argimón (2017), así como en otras universidades nacionales.

En el ámbito de la investigación, se incorporó al grupo EHA (HUM-134) en enero de 2001, ha realizado estancias investigadoras en el Archivo General de Indias de Sevilla (sobre todo de 2003 a 2005) y ha participado, como investigadora a tiempo completo, en todos los proyectos que este grupo desarrolló desde esa fecha hasta la actualidad («Análisis del discurso, pragmática y configuración sintáctica en español hablado y escrito» (BFF2003-05554), «Tipología textual y oralidad: del español clásico a nuestros días» (HUM2007-60410), «Conciencia lingüística y usos idiomáticos en la Andalucía de la Era de la Información» (P08-HUM-03561), «Variación y adaptación en la interacción lingüística en español» (FFI2011-23573), «Tradiciones discursivas, tradiciones idiomáticas y unidades de análisis del discurso en la historia del español moderno» (FFI2014-51826-P) (2015-2018), «Construcción histórica y proyección social de la imagen del habla andaluza», «Tradicionalidad discursiva e idiomática, sintaxis del discurso, traducción y cambio lingüístico en la historia del español moderno: prosa (pre-)periodística/ensayística y Literaria» (PGC2018-097823-B-I00), con el que el grupo se integró en la Red de Excelencia GREDISOR, y el actual, "DiacOralEs: Hacia una diacronía de la oralidad/escrituralidad: variación concepcional, traducción y tradicionalidad discursiva en el español y otras lenguas románicas" (PID2021-123763NA-I00), dirigido por Santiago Del Rey Quesada.