Marta Fernández Alcaide es catedrática de Lengua española en la Facultad de Filología de la Universidad de Sevilla, donde imparte su docencia en el Grado en Filología Hispánica y los distintos másteres (MELLC, MEHS, MAES). Ha sido, además, profesora visitante en el Institut für Romanische Philologie de la Universidad Ludwig-Maximilian de Múnich (Alemania) bajo la cátedra del Prof. Dr. Wulf Oesterreicher, donde anteriormente había realizado diversas estancias de investigación, el King’s College de la Universidad de Londres (Reino Unido) bajo la dirección del Prof. Dr. Christian Pountain o la Faculté de Lettres de la Universidad de Lausana (Suiza) bajo la dirección de la Prof. Dr. Victoria Béguelin-Argimón, así como en otras universidades nacionales. También ha realizado estancias de investigación en archivos, fundamentalmente el Archivo General de Indias.

En el ámbito de la investigación, se incorporó al grupo EHA (HUM-134) en enero de 2001 que ahora dirige, y ha participado en todos los proyectos que este grupo desarrolló desde esa fecha hasta la actualidad («Análisis del discurso, pragmática y configuración sintáctica en español hablado y escrito» (BFF2003-05554), «Tipología textual y oralidad: del español clásico a nuestros días» (HUM2007-60410), «Conciencia lingüística y usos idiomáticos en la Andalucía de la Era de la Información» (P08-HUM-03561), «Variación y adaptación en la interacción lingüística en español» (FFI2011-23573), «Tradiciones discursivas, tradiciones idiomáticas y unidades de análisis del discurso en la historia del español moderno» (FFI2014-51826-P) (2015-2018), «Construcción histórica y proyección social de la imagen del habla andaluza», «Tradicionalidad discursiva e idiomática, sintaxis del discurso, traducción y cambio lingüístico en la historia del español moderno: prosa (pre-)periodística/ensayística y Literaria» (PGC2018-097823-B-I00), con el que el grupo se integró en la Red de Excelencia GREDISOR, y el actual, "DiacOralEs: Hacia una diacronía de la oralidad/escrituralidad: variación concepcional, traducción y tradicionalidad discursiva en el español y otras lenguas románicas" (PID2021-123763NA-I00), dirigido por Santiago Del Rey Quesada.