Los equipos de trabajo de cada país están compuestos por investigadores adscritos a disciplinas diversas relacionadas con la salud (antropología, biología, educación, medicina, psicología, sociología, trabajo social, etc.) y en ámbitos de trabajo también diferentes (universidades, hospitales, institutos públicos o privados de investigación, etc.), algo que sin duda se acaba plasmando en todos y cada uno de los productos del estudio.
Estos equipos se reúnen dos veces al año (otoño y primavera) para discutir y acordar todo aquello relacionado con el estudio.
En cada reunión se realizan sesiones plenarias a las que acuden todos los asistentes al encuentro y sesiones de trabajo temáticas. En las sesiones temáticas (reuniones por "Focus Group") se discuten y acuerdan los contenidos relacionados con un área de conocimiento concreto. Cada una de estas sesiones tiene un coordinador. En estos momentos existen 10 áreas temáticas en el HBSC: Actividad Física, Alimentación y Dieta, Capital Social, Conductas de Riesgo, Contexto Escolar, Contexto Familiar, Cultura de los Iguales, Desigualdad Social, Prevención de Violencia y Accidentes y Salud Positiva. Además, existen 7 ejes temáticos transversales que son: Género, Pubertad, Maltrato entre Iguales, Salud Sexual, Tendencias Evolutivas, Obesidad y Consumo de Medicamentos.
Además de los grupos temáticos, la estructura organizativa cuenta con el SDG (Grupo de Desarrollo Científico), el PDG (Grupo de Desarrollo de Políticas) y el MDG (Grupo de Desarrollo Metodológico).