La acuaponía es una técnica productiva que combina la producción de organismos acuáticos (acuicultura) con la producción hortícola en cultivos sin suelo (hidroponía), de manera que los desechos metabólicos del primer sistema, una vez transformados por una comunidad de bacterias asociadas, son utilizados como fertilizantes en el segundo. Esta sinergia productiva permite ahorros importantes de agua y fertilizantes, así como ventajas sustanciales para el medio ambiente al no necesitar de elevados inputs ni propiciar vertidos potencialmente contaminantes. Podría decirse que este sistema se acerca al paradigma de la economía circular, al promover la reutilización de nutrientes, agua, etc. entre los distintos componentes del sistema, minimizando el uso de recursos externos.
En un sistema acuapónico las plantas utilizan los desechos metabólicos de los peces y del pienso no consumido, transformados por una comunidad bacteriana en nutrientes fácilmente asimilables por éstas (nitratos, fosfatos), para crecer. Con la extracción realizada por su sistema radicular, depuran el agua del exceso de nitratos y fosfatos, manteniendo unos niveles adecuados para el desarrollo de los peces y reduciendo el consumo de agua y la potencial degradación del medio ambiente.
La presencia en el mismo medio de tres poblaciones biológicas (plantas, peces y microorganismos responsables de la mineralización) con requerimientos diferentes y múltiples interrelaciones entre ellas imposibilita el uso de pesticidas, antibióticos y otras sustancias que podrían tener efectos negativos sobre la salud de los consumidores o sobre el medio ambiente, por lo que se circunscribe habitualmente en el marco de las producciones sostenibles y saludables. Este sistema reproduce el ciclo de la mineralización de la materia orgánica en la naturaleza en condiciones controladas, produciendo además alimento para los seres humanos en forma de peces y de plantas. Por este motivo, la acuaponía se presenta como una alternativa interesante para la implementación de sistemas productivos basados en la economía circular (reducir, reusar, reutilizar), frente a los clásicos basados en la economía lineal (extracción, fabricación, utilización, eliminación). Con este nuevo sistema se consiguen evitar algunos de los problemas asociados a la acuicultura convencional (potencial contaminación de acuíferos con los efluentes, sobreexplotación de la pesca extractiva para fabricar piensos para peces, gasto de agua, etc.) y de la agricultura (limitación de fertilizantes como el fósforo, gasto de agua, uso excesivo de pesticidas y de combustibles fósiles, etc.).
Todas estas ventajas de los sistemas acuapónicos permiten la obtención de hortalizas y peces muy saludables y de alta calidad, que en muchos países son certificados ya como producción sostenible y ecológica. Los sistemas acuapónicos se están convirtiendo también en un medio con gran potencial para contribuir al autoconsumo familiar y a la soberanía alimentaria, vehiculado a través de sistemas de pequeña escala y bajo coste.